Το Πρωτοδικείο Ηρακλείου βρίσκεται στο κέντρο της πόλης του Ηρακλείου Κρήτης, κοντά στην πλατεία Ελευθερίας, επί της Λεωφόρου Δικαιοσύνης (Τ.Κ. 712 01).

Στον παρακάτω χάρτη εμφανίζεται η ακριβής τοποθεσία του Πρωτοδικείου.